1. 21세기 인문학의 새로운 정체성을 정립하여 연세대학교의 자랑스러운 인문학 전통을 되살리고 국내외 인문학 연구를 선도한다.

2. 개별 전공으로 분산되어 있던 인문학 연구자들의 역량을 한데 모아 시너지 효과를 극대화할 수 있는 기반을 마련한다. 기존의 개별 전공으로 소화할 수 없었던 대형 연구 주제를 기획하고 수행한다. 이를 통해 인문학 연구의 범위와 지평을 넓힌다.

3. 분과 학문별로 나누어져 있는 문과대학 개별 연구소들을 인문학연구원 으로 통합하여 운영함으로써 명실상부한 인문학 연구의 중심지 역할을 한다.

4. 급속한 변화의 시대를 맞이하여 기존의 전공 학문 영역에 포함되지 않았던 새로운 분야인 문화학, 번역학, 문화 콘텐츠학, 지역 문화 연구, 디지털 인문학 등의 새로운 학문 영역을 기존 인문학 연구와 결합하여 변화된 시대의 요구에 부응한다.

5. 인문학 관련 다양한 전공 간의 학제적 연구를 기획하고 공동 연구를 수행한다. 개별 전공이 더욱 발전할 수 있는 기반을 마련하면서 동시에 전공 간, 학제 간 연구를 활성화하여 인문학이 새롭게 도약할 수 있는 기반을 마련한다.

6. 세계화 정보화 시대에 기여할 수 있는 인문학의 내용을 개발하고 이를 교육과 연구에 적극 활용한다.

7. 동서양의 인문학 관련 연구소들과 국제 연구 교류 및 협력 관계를 맺는다.

8. 인문 아카데미 등의 운영으로 인문학적 지식을 학생과 일반인에게 널리 알리는 인문학 대중화 사업을 수행한다. 이를 통해 상아탑에 갇혀 있던 인문학 연구를 대중과 호흡하는 새로운 인문학으로 변화시킨다.